Estudos clínicos e experimentais examinando o consumo de fitoestrogênio na saúde humana produz resultados mistos e frequentemente conflitantes; as atuações biológicas desses compostos variam desde exibir ações estrogênicas e antiestrogênicas fracas tanto in vitro quanto in vivo quanto atividade anticarcinogênica adicional in vitro com inibição da angiogênese (formação de novos vasos sanguíneos) e a progressão do processo de divisão celular. Além disso, há hipóteses da ação cardioprotetora, podendo o consumo rotineiro ajudar a diminuir as chances de doenças cardiovasculares e as concentrações sanguíneas de colesterol, como é observado em países asiáticos e em pessoas vegetarianas. Alguns estudos atuais evidenciam possíveis efeitos dos fitoestrogênios na citologia vaginal amenizando sintomas de pré e pós-menopausa em mulheres e o risco de osteoporose. Porém muitas pesquisas apontam a atuação maléfica desses compostos comprometendo a saúde reprodutiva feminina como no caso de malformações no ovário, útero e glândula mamária após a administração neonatal, fertilidade reduzida, possível exposição do feto em desenvolvimento a este desregulador através da placenta, podendo aumentar potencialmente os riscos de câncer de mama ou sua recorrência e causar puberdade precoce em crianças.